Στον απόηχο των καταγγελιών που είδαν το φως της δημοσιότητας και αφορούν ασέλγεια και ξυλοδαρμούς σε βάρος ανηλίκων ήρθε η πρώτη ανεπίσημη αντίδραση από την πλευρά της Αρχιεπισκοπής Αθηνών.
Ο εκπρόσωπος Τύπου της Ιεράς Συνόδου, Μητροπολίτης Φθιώτιδος Σεραφείμ, σε παρέμβασή του στον τηλεοπτικό σταθμό Alpha υποστήριξε πως η «Κιβωτός του Κόσμου» δεν υπάγεται στην Αρχιεπισκοπή Αθηνών, είναι Ιδιωτική Δομή και δεν είναι υπό την εποπτεία της.
Εκτός των άλλων δήλωσε πως κατά το παρελθόν όταν ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών επιχείρησε να βοηθήσει τον πατέρα Αντώνιο με κάποιου είδους εποπτεία, ο τελευταίος όμως αρνήθηκε.
